吉林医药学院档案馆于2019年12月正式成立，是在原学校综合档案室基础上组建的副处级建制职能部门，下设综合档案室、信息技术室。现有在职人员5人。

档案馆集中统一管理吉林医药学院综合档案（党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、出版、外事、财会、声像、实物等各类档案）、人事档案和学生档案。现馆舍于2024年10月底启用，建筑面积1600平方米，其中库房面积510平方米，业务和技术用房及对外服务用房面积200平方米。目前，档案馆馆藏档案共约2.2万卷。

档案馆现正积极致力于档案管理的信息化建设，不断提升服务水平和服务质量，在满足广大师生及社会利用的各种需求的同时，把吉林医药学院档案馆建设成为学校信息资源的保管基地、档案信息的利用中心，以更好地为广大师生和社会各界提供档案服务。